台灣官紳丘逢甲等人成立台灣民主國，推舉末代台灣巡撫唐景崧為台灣民主國大總統，但在日清兩國交接後，而日軍尚未進入臺北城之前，丘、唐等人即已逃往中國大陸。
此後，臺灣總督府將台灣住民（本島人）依據族群關係大致分為三種：在台日本人、台灣漢人及蕃民，社會地位及享受的權利以日本人最優越。
自1936年日本確定南進政策開始，一直到二次大戰結束的1945年為止，日本在台灣的殖民統治邁向了另一個階段。
該時期因戰爭的需要，日本內地經濟泥足深陷，全國逐漸進入戰時體制，繼而孤注一擲，發動大東亞戰爭，國力消耗甚鉅，人力物力羅掘俱窮，需要台灣的協助。然而要台灣人「真誠」、「同心協力」，須由同化政策更進一步，除了取消原來允許的社會運動外，也積極從精神上消除臺人的民族意識，生活上脫離漢民族及臺灣原住民的生活型態與文化，全力推行皇民化運動，大倡臺人全面日本化，並全面動員台人參加其戰時工作，一直持續到1945年二戰結束，日本投降為止。本時期可以稱為「皇民化時期」，是「內地化」的極端形式。
皇民化運動係分成二階段進行。第一階段是1936年底到1940年的「國民精神總動員」，重點在於「確立對時局的認識，強化國民意識」。通過各種思想宣傳與精神動員，致力於消彌台灣人的祖國觀念，灌輸大日本臣民思想。第二階段是1941年到 1945年的「皇民奉公運動時期」，主旨在徹底落實日本皇民思想，強調挺身實踐，驅使台灣人為日本帝國盡忠。日本人為強化組織功能，成立各種奉公會團體， 台灣人民被迫參加，將運動推向社會的最基層。
臺灣總督府為推動皇民化運動，開始強烈要求台灣人說國語（日語）、穿和服、住日式房子、放棄台灣民間信仰、改信日本神道教並參拜神社、同時也要每日向日本天皇的居所膜拜。此外，總督府也在1940年公佈更改姓名法，推動廢漢姓改日本姓名的運動。 「國語家庭」享受特惠，公家機關得以優先任用、食物配給較多，連子女在升學競爭上也佔優勢。日本人的配給量比台灣人多，而改成日本姓氏的台灣人，也比一般台灣人得到更多的配給；不過，台灣的皇民化政策的強制性遠低於日本在朝鮮執行的皇民化政策。
最後，由於戰爭規模不斷擴大，所需兵員越來越多，日本當局也在1942年開始在台灣實施陸軍特別志願兵制度、1943年實施海軍特別志願兵制度、並於1945年全面實施徵兵制。上戰場替軍隊勞動的人，他的家宅可貼上「榮譽之家」字樣。榮譽之家的子弟，升學也會受到特別眷顧皇民化運動使台語文讀系統衰弱，再加上戰後國民政府長期實行的國語運動，致使許多台灣人於不知如何以台語朗讀漢字書面文、文言文。
戰後的中華民國政府因在中國大陸時與日本交戰之歷史因素，對皇民化運動持嚴厲的批判態度，甚至予以醜化。至今「皇民」仍是中國民族主義或統派人士對主張重新審視此段台灣歷史者的攻擊侮辱性用詞。在接收台灣後，推行一系列去日本化運動，以及國語運動等，希望去除日本文化影響，使台灣人重新中國化。但不成功。
然而解嚴後，隨著社會的多元化和台灣本土意識的興起，關於皇民化運動，台灣史學者提出與中國國民黨政府不同的觀點，並重新檢視和評價。比如，學者林呈蓉認為「部份皇奉運動下的社會價值觀，即使在戰後仍以不同的語言、型態繼續被傳承下去，並逐漸內化成台灣精神內涵之一環。例如滅私奉公的社會『道義』、守望相助的『鄰保』精神、台灣社會『賢妻良母』之婦女的形象改造、公益優先的『義勇報國隊』之組成、拉近國民與國家距離之『徵兵制』的施行等，一些近代社會中所具有普世價值之言動，的確也給台灣社會民度的提升，帶來了正面效益。」[15]至今史學界對此時期帶給台灣的正負面影響之爭論仍持續著、依立場的不同評價兩極。在討論有著一定程度的敏感性。
根據資料顯示，1941年底，全台人口中改姓名的約有1%左右，直到1943年底，雖然太平洋戰爭日趨白熱化，全台共有17,526戶改姓名，人數為126,211人，仍僅佔當時人口約2 %。 然而相較日本殖民朝鮮時期採強制性皇民化政策，台灣則是採申請許可製由個人加以選擇，且改名者多技巧性保有原本漢姓的痕跡。 雖說改姓名無強制性，但對於一些社會精英或與從事公職者仍存有壓力（較有升遷機會），因而配合改名。如李登輝之父是警察，李遠哲之父、柯文哲之祖父、江丙坤之大哥二哥皆是教師。另外張榮發、邱創煥等皆出身於改日本姓家庭。戰後的國民政府強迫歸籍戶政的台灣原住民族人民全部改漢姓漢名，以宰制公務機關用人的壓力迫使新進公務人員加入中國國民黨成為黨員（較有升遷機會）同為歷史的一環。部分台灣史研究學者指出，由於該運動之目標在將台灣本島人同化於日本，又因相較於同時期的中國已具有相當程度的現代化，加上戰後的中國國民黨政府對台灣進行高壓統治，二二八事件、戒嚴時期及白色恐怖時期，國民黨政府捕殺異議份子的殘酷手段不輸日本，及台籍本省人與自中國大陸來台者之間國家認同和價值觀的落差，導致許多台籍本省人在二次大戰後對日治時期產生某種程度的懷念。此心態不僅保留於許多老一輩台灣人心中，也相當程度地影響了戰後台灣對國家民族認同、臺灣主體性、族群意識觀念乃至臺灣獨立運動的興起。 也被當成沒必要或拒統的理由。 復加上之後中華民國政府在內戰中敗退、台灣地位歸屬又受到冷戰影響而未能妥善處理；成為日後台灣內部國家認同及統獨問題對立衝突的遠因之一，不過由於外省新生代也開始認同台獨對歷史的解讀及評價，因此台灣內部的衝突也將漸漸化解。
中央研究院臺灣史研究所學術諮詢委員賴澤涵表示，日本於1937年侵略中國，為了避免「裏應外合」，防止台灣人的漢人意識的甦醒，高唱「日台一體」，即台灣人亦屬天皇子民與日人一樣平等，於是在大戰時高唱皇民化運動，希望台灣人改日本姓、說日本語、拜日本神、不得祭拜中國神明等，但只是很少的士紳改姓。因此，皇民化運動除說日語較為成功外，其餘的成果相當有限，台灣人被同化為日本人的士紳階級只有百分之一。
部份立場親共民族主義者，如王曉波等人，將台獨運動與皇民化運動等同在一起。他們認為陳水扁時代修改課綱，加重台灣歷史內容，是去中國化，走向日本皇民化。在馬英九政府時期，推動修改教科書及微調課綱，希望以教育力量使台灣人重新『中國化』，避免天然獨的產生，引發反彈。蔡英文政府時期，廢除微調課綱，被批評為文化台獨[27][28]。但國會觀察基金會董事長姚立明則認為，天然獨是台灣民主自由氣氛下所形成的結果。歸咎於教科書是「傻子的想法」。 [29]筆名人渣文本的周偉航則指，其實沒有所謂「天然獨」。台灣多數年輕人並未認真思考或主張獨立，對於推動台獨當然也沒什麼熱情。年輕人單純就是討厭中國而已，講白一點，就是認為「中國很臭」，站得離中國越遠越好。所以看起來像台獨。
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